自然保留區
自然保育的城堡
 保護區內的濫倒廢土顯示自然保護區 | 台灣地區以自然保育地區為目的設立的保護區類型計有四種：依文化資產保護法設立的自然保留區、依野生動物保育法設置的野生動物保護區、依據國家公園法設立之國家公園和森林法經營管理國有林的需要而設置的國有林自然保護區等四類。 這些保留區中位於淡水河流域的部份，如下表。
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| 類型 | 自然保留區名稱 | 地點 | 主要對象 | 管理單位 |
|---|---|---|---|---|
| 自 然 保 留 區 | 挖仔尾自然保留區 | 台北縣八里淡水河出海口沿岸 | 水筆仔 | 台北縣政府 |
| 竹圍紅樹林自然保留區 | 竹圍附近淡水河沿岸 | 水筆仔 | 台灣省農林廳林務局 | |
| 關渡自然保留區 | 台北市關渡堤防附近 | 水鳥 | 台北市政府建設局 | |
| 坪林台灣油杉自然保留區 | 林務局文山事業區28、29、40、41林班內 | 台灣油杉 | 台灣省農林廳林務局 | |
| 哈盆自然保留區 | 宜蘭事業區第57林班，烏來事業區第72、15林班 | 天然闊葉林、山鳥和淡水魚類 | 台灣省林業試驗所 | |
| 插天山自然保留區 | 包含大溪事業區部份及烏來事業區部份 | 櫟林帶、稀有動植物及其生態系 | 台灣省農林廳林務局 | |
| 鴛鴦湖自然保留區 | 大溪事業區第89、90、91林班 | 湖泊、沼澤、紅檜、東亞黑三稜 | 退輔會森林開發處 | |
| 野生 動物 保留 區 | 台北市野雁保護區 | 台北市中興橋至永福橋間公有河川地及水域 | 水鳥及稀有動植物 | 台北市建設局 |
| 國家 公園 | 陽明山國家公園 | 大屯山系 | 公園內所有生態系 | 內政部營建署 |
| 雪霸國家公園 | 雪山山脈 | 公園內所有生態系 | 內政部營建署 |
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